在分子系统发育研究中，基于核基因和细胞质基因（叶绿体或线粒体）构建的系统发育树常常产生不同的枝形拓扑结构，该现象被称为核质冲突（cytonuclear discordance）（图）。产生核质冲突的机制不一而同，但最常见的是基因渐渗（introgression）和不完全谱系分选（incomplete lineage sorting）。前者的原理是杂交后代物种和亲本物种之一进行不断回交，以达到其核基因几乎等同于该亲本的程度；后者是由于祖先等位基因的变异在后代中随机分配，造成采用该基因建树会和真实的物种树不一致的情况(图)。
中国科学院华南植物园植物科学中心段磊副研究员、陈红锋研究员和付琳副研究员对核质冲突的类型、产生原因、分辨手段、后续分析以及在动植物进化历史研究中的应用进行了总结和剖析。其研究成果作为综述于近期发表在学术期刊Science China-Life Sciences（《中国科学-生命科学》）上。文章链接：http://engine.scichina.com/doi/10.1007/s11427-023-2456-6
图. 基因渐渗和不完全谱系分选示意图。(A) 基因树拓扑结构冲突；(B-I) 基因树与物种数一致的情况；(B-II) 基因渐渗：从C至B的基因流；
(B-III) 不完全谱系分选：不同的祖先等位基因分别分配至B和C。灰色的枝表示物种树；实线表示基因树：黑色实线示祖先基因，蓝星示突变发生，红色实线示突变后基因。
(C) 细胞质基因捕获现象。nuc：核基因；cyto：细胞质基因(叶绿体或线粒体)。
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